确切发病机制不明。呼吸运动的生理过程涉及许多非常复杂的调控机制。各种生理与病理性因素可直接或间接(通过神经生化因素等澎响呼吸中枢的功能，或使得呼吸调控系统功能不稳定或处于短暂的波动状态。临床上最常见到的陈施呼吸就是呼吸调控系统功能不稳定所致，表现为呼吸的逐渐形成和消失，呈周期性变化。陈施呼吸可见于高海拔地区的正常人，也见于心脑疾病或代谢性疾病患者。中枢性睡眠呼吸暂停常发生于NREM睡眠第1,2期，而很少发生于REM睡眠期，在NREM睡眠第3,4期更少。近年研究表明，中枢性睡眠呼吸暂停似与肺脑生理性反馈回路的震荡相关，因此影响到该系统的因素都可能出现睡眠呼吸障碍。中枢性睡眠呼吸暂停很少单独出现，常伴有阻塞性因素。从临床情况看，大多数睡眠呼吸暂停都是混合性的，两者之间关系密切:阻塞性睡眠呼吸暂停行气管切开后，其中很多患者会出现中枢性睡眠呼吸暂停，需要经过数月才能恢复正常;应用呼吸兴奋剂或隔肌起搏治疗中枢性睡眠呼吸暂停可能会引起阻塞性睡眠呼吸暂停。